UNIVERSIDAD POLITÉCNICA DEL ESTADO DE
MORELOS
Ingeniería en biotecnología
Ingeniería genética
PCR Y DISEÑO DE OLIGONUCLEÓTIDOS
PROFESOR: Luis Gastón Castillo Olamendi
ELABORADO POR:
REYES DÍAZ CHRISTOPHER ARTURO
6° “B” IBT
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Diseño de oligonucleotidos de determinado tamaño, Ejercicios de Ingeniería Genética
Diseño de Oligonucleótidos. Aunque no existe una 'regla' general, se recomienda que: Los primers no tengan ninguna discrepancia (mismatch), a exepción de
Tipo: Ejercicios
2019/2020
1 / 12
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UNIVERSIDAD POLITÉCNICA DEL ESTADO DE
MORELOS
Ingeniería en biotecnología
Ingeniería genética
PCR Y DISEÑO DE OLIGONUCLEÓTIDOS
PROFESOR: Luis Gastón Castillo Olamendi
ELABORADO POR:
REYES DÍAZ CHRISTOPHER ARTURO
6° “B” IBT
Alineamiento de aminoácidos P5CS1 y P5CS
P5CS1 MEELDRSRAFARDVKRIVVKVGTAVVTGKGGRLALGRLGALCEQLAELNSDGFEVILVSS 60
P5CS2 MTEIDRSRAFAKDVKRIVVKVGTAVVTGKGGRLALGRLGAICEQLAELNSDGFEVILVSS 60
P5CS1 GAVGLGRQRLRYRQLVNSSFADLQKPQTELDGKACAGVGQSSLMAYYETMFDQLDVTAAQ 120
P5CS2 GAVGLGRQRLRYRQLVNSSFADLQKPQMELDGKACAGVGQSSLMAYYETMFDQLDVTVAQ 120
P5CS1 LLVNDSSFRDKDFRKQLNETVKSMLDLRVIPIFNENDAISTRRAPYQDSSGIFWDNDSLA 180
P5CS2 MLVTDSSFRDKDFRKQLSETVKAMLRMRVIPVFNENDAISTRRAPYKDSTGIFWDNDSLA 180
P5CS1 ALLALELKADLLILLSDVEGLYTGPPSDPNSKLIHTFVKEKHQDEITFGDKSRLGRGGMT 240
P5CS2 ALLSLELKADLLILLSDVEGLYTGPPSDSTSKLIHTFIKEKHQDEITFGEKSKLGRGGMT 240
P5CS1 AKVKAAVNAAYAGIPVIITSGYSAENIDKVLRGLRVGTLFHQDARLWAPITDSNARDMAV 300
P5CS2 AKVKAAVNAAYGGVPVIITSGYAAENISKVLRGLRVGTLFHQDAHLWAPVVDTTSRDMAV 300
P5CS1 AARESSRKLQALSSEDRKKILLDIADALEANVTTIKAENELDVASAQEAGLEESMVARLV 360
P5CS2 AARESSRKLQALSSEDRKQILHDIANALEVNEKTIKAENDLDVAAAQEAGYEESLVARLV 360
P5CS1 MTPGKISSLAASVRKLADMEDPIGRVLKKTEVADGLVLEKTSSPLGVLLIVFESRPDALV 420
P5CS2 MKPGKISSLAASVRQLAEMEDPIGRVLKKTQVADDLILEKTSSPIGVLLIVFESRPDALV 420
P5CS1 QIASLAIRSGNGLLLKGGKEARRSNAILHKVITDAIPETVGGKLIGLVTSREEIPDLLKL 480
P5CS2 QIASLAIRSGNGLLLKGGKEARRSNAILHKVITDAIPETVGGKLIGLVTSREEIPDLLKL 480
P5CS1 DDVIDLVIPRGSNKLVTQIKNTTKIPVLGHADGICHVYVDKACDTDMAKRIVSDAKLDYP 540
P5CS2 DDVIDLVIPRGSNKLVSQIKNSTKIPVLGHADGICHVYVDKSGKLDMAKRIVSDAKLDYP 540
P5CS1 AACNAMETLLVHKDLEQNAVLNELIFALQSNGVTLYGGPRASKILNIPEARSFNHEYCAK 600
P5CS2 AACNAMETLLVHKDLEQNGFLDDLIYVLQTKGVTLYGGPRASAKLNIPETKSFHHEYSSK 600
P5CS1 ACTVEVVEDVYGAIDHIHRHGSAHTDCIVTEDHEVAELFLRQVDSAAVFHNASTRFSDGF 660
P5CS2 ACTVEIVEDVYGAIDHIHQHGSAHTDCIVTEDSEVAEIFLRQVDSAAVFHNASTRFSDGF 660
P5CS1 RFGLGAEVGVSTGRIHARGPVGVEGLLTTRWIMRGKGQVVDGDNGIVYTHQDIPIQA--- 717
P5CS2 RFGLGAEVGISTSRIHARGPVGVEGLLTTRWIMRGKGQVVDGDNGIVYTHKDLPVLQRTE 720
P5CS1 ------ 717
P5CS2 AVENGI 726
P5CS2 tatgttctt--------------------------------------------------- 568 ** P5CS1 acatgtgaaattattcatgcgtagtggcaactttaatttgtaaaaaaatatatatatata 940 P5CS2 ---------gctttaaaaacagaatcgaaaaaatggtttttgaaggacttgtgtaatata 619
P5CS1 atgtcagCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGATTTGAGGTGATATTGGTGTCATCTGGTGC 1000 P5CS2 atatcagCTTGCGGAGTTAAACTCAGATGGATTTGAGGTCATTTTGGTGTCATCTGGTGC 679
P5CS1 GGTTGGTCTTGGCAGGCAAAGGCTTCGTTATCGACAATTAGTCAATAGCAGgttaaagct 1060 P5CS2 CGTTGGTCTTGGTCGACAAAGGCTTCGATACAGACAATTAGTCAACAGCAGgttatatta 739
P5CS1 taatggctacacttcattattaatccctttcccttataacaacatttggaaacaaaaaaa 1120 P5CS2 ttggaacaagtttaaagt------------------------------------------ 757
P5CS1 aaagggtgatgatggatggaccattttggcttatgtttttattgctcaataacagtgaca 1180 P5CS2 ------------------------------------------------------------ 757 P5CS1 tgtgtttatgtgtgttatgatttaaaagttttgtttttttttgctgatggatttgttttt 1240 P5CS2 -----------------------------tttttttgtttttagtg--------tttctg 780
P5CS1 tttctttttttttgttaatggcttttgcagCTTTGCGGATCTTCAGAAGCCTCAGACTGA 1300 P5CS2 tgctgatttttgttctcttcggattttcagTTTTGCAGATTTACAGAAGCCACAAATGGA 840
P5CS1 ACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGCAGTCTTATGGCTTACTATGAGAC 1360 P5CS2 ACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGGCAGAGCAGTCTCATGGCTTACTATGAGAC 900
P5CS1 TATGTTTGACCAGgtgatttttcctttgttatcgaattcta------gattattgtgtaa 1414 P5CS2 TATGTTTGACCAGgtgatgcgatgctttttttttttggttgtgtcttgattattggc-aa 959
P5CS1 gacatccaaatattgatgc---------tgttgtttttctttggttagCTTGATGTGACG 1465 P5CS2 gcatttcaaatattgatgtgttgcttttttcgtctttttgtgtggtagTTGGATGTGACG 1019
P5CS1 GCAGCTCAACTTCTGGTGAATGACAGTAGTTTTAGAGACAAGGATTTCAGGAAGCAACTT 1525 P5CS2 GTTGCTCAAATGCTTGTGACCGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGAAGCAACTT 1079
P5CS1 AATGAAACTGTCAAGTCTATGCTTGATTTGAGGGTTATTCCAATTTTCAATGAGAATGAT 1585 P5CS2 AGTGAAACTGTCAAAGCGATGCTGAGGATGAGGGTTATTCCAGTTTTCAATGAGAATGAT 1139
P5CS1 GCTATTAGCACCCGAAGAGCCCCATATCAGgtttgtcccttttgacatgaacttttct-- 1643 P5CS2 GCTATAAGCACTCGCAGAGCCCCCTACAAGgtttgttgattgcctttcttttgctctttg 1199
P5CS1 ------------acaca-ctctgagatgtgag---------------------------- 1662 P5CS2 acatagagttctactaactttggagatgtgagaaattgtaaagcgatacttattgactgt 1259
P5CS1 -------------------------------ggattcttt---gaatctcgtagtctaat 1688 P5CS2 acatgatgaaactagaatcaagtaatttcctagttcctctgaatcttttagtctactaac 1319
P5CS1 gttcagcttcactggatcttgatatatgcagGATTCTTCTGGTATTTTCTGGGATAACGA 1748 P5CS2 ttacagcttcactgtacttcaacgtatacagGATTCTACTGGTATATTTTGGGATAATGA 1379
P5CS1 TAGCTTAGCTGCTCTACTGGCGTTGGAACTGAAAGCTGATCTTCTGATTCTTCTGAGCGA 1808 P5CS2 CAGCTTAGCCGCTCTTCTGTCGCTAGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTCTAAGTGA 1439
P5CS1 TGTTGAAGGTCTTTACACAGGCCCTCCAAGTGATCCTAACTCAAAGTTGATCCACACTTT 1868 P5CS2 TGTTGAGGGCCTTTACACTGGCCCTCCAAGTGATTCTACCTCAAAATTAATACACACATT 1499
P5CS1 TGTTAAAGAAAAACATCAAGATGAGATTACATTCGGCGACAAATCAAGATTAGGGAGAGG 1928 P5CS2 CATTAAAGAAAAACACCAGGACGAGATTACTTTTGGCGAAAAGTCCAAATTAGGACGAGG 1559
P5CS1 GGGTATGACTGCAAAAGTCAAAGCTGCAGTCAATGCAGCTTATGCTGGGATTCCTGTCAT 1988 P5CS2 GGGTATGACTGCAAAAGTTAAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTAT 1619
P5CS1 CATAACCAGgtgaggaaccttctaagctca-ccatgcataatgatagggtgatatgct-- 2045 P5CS2 CATAACCAGgtaaaaggcccttccgtactcataatctgtaattatactgcataactctat 1679
P5CS1 ------------------------------------------------------------ 2045 P5CS2 gttgtaaaaaatttagtctccaactttgaaacagataattctttttcttcctctgctgca 1739 P5CS1 ------------------------------------------------------------ 2045 P5CS2 atgtaaagtatgggaattaaaaaaatgagcgatattgtaagctcaagattgtagcactgt 1799 P5CS1 ------------------------------------------------------------ 2045 P5CS2 tgaagttctctactttaccacatctttttctctccacgtagcttgttccctgaatattta 1859 P5CS1 -------------------------------------------------------tgttc 2050 P5CS2 gaatcctgtcttcccttgaaatttcagaatatagaaggccctgatcaataagctaacaac 1919
P5CS1 aaatttggttagatgg----------tatattgatatctttcttgcttctgaagTGGGTA 2100 P5CS2 atataatgttggatggaagagtgatttttttttttttttgctattttcatgaagTGGATA 1979
P5CS1 TTCAGCTGAGAACATAGATAAAGTCCTCAGAGGACTACGTGTTGGAACCTTGTTTCATCA 2160 P5CS2 TGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGTACCCTGTTCCATCA 2039
P5CS1 AGATGCTCGTTTATGGGCTCCGATCACAGATTCTAATGCTCGTGACATGGCAGTTGCTGC 2220 P5CS2 AGATGCTCATTTATGGGCTCCGGTCGTAGATACTACTTCTCGTGACATGGCAGTTGCTGC 2099
P5CS1 GAGGGAAAGTTCCAGAAAGCTTCAGgtaattgtgacttatgcatggctttctttcatgtt 2280 P5CS2 AAGGGAAAGCTCAAGAAAGCTTCAGgtaatgttaaggctttgattgcaagtgaactcaa- 2158
P5CS1 cactacagctcttttaagttcatggtaaatttctagGTGATCACTGATGCAATTCCAGAG 3196 P5CS2 tctggctaatttttgaaatacatgggaaaattaaagGTGATCACTGATGCAATTCCGGAG 3101
P5CS1 ACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATTTGCTT 3256 P5CS2 ACTGTTGGAGGTAAACTCATAGGACTTGTGACCTCAAGAGAGGAGATTCCTGATTTGCTC 3161
P5CS1 AAGgtaagaacagatttacaagctaggagc-----tgcaacagttcttttgtatcttttg 3311 P5CS2 AAGgtaagcagatagatacatatgaatggcaagtccccagaagtgattagcttttttcac 3221
P5CS1 ttaaactggaacccaccatttgcatttgtgttacagCTTGATGACGTTATCGATCTTGTG 3371 P5CS2 ttatactggaacccaccatttacatttttggtacagCTTGATGACGTTATTGATCTTGTG 3281
P5CS1 ATCCCAAGAGGAAGCAACAAGCTTGTTACTCAGATAAAAAATACTACAAAAATCCCTGTG 3431 P5CS2 ATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTTCTCAAATAAAAAACTCGACGAAAATCCCAGTG 3341
P5CS1 CTAGGTCATGCTGgtatggttgcaagtttgttttttccagaagattctttacttggattg 3491 P5CS2 CTAGGCCATGCTGgtatgtttataagttcagttccatt---aagttcttaagttggattg 3398
P5CS1 tgctagagtg-tgacgatggcttaattgtgtacttgcagATGGAATCTGTCATGTATATG 3550 P5CS2 gcctagagagaacatggcttattttttgggtgtttccagATGGAATCTGTCATGTATATG 3458
P5CS1 TCGACAAGGCTTGTGATACGGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGCAAAGTTGGACT 3610 P5CS2 TTGATAAGTCTGGTAAACTGGACATGGCAAAGCGCATTGTTTCCGATGCAAAGTTGGACT 3518
P5CS1 ATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGgtaagagaactttttaccttccatcgagatttaatta 3670 P5CS2 ATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGgttagagattcttgtctctttcactactgttcactta 3578
P5CS1 atacagtgggagatt---------ctaaag-----------ttcaactgactcatttcat 3710 P5CS2 tgcgaagtgatttcgtttttggttctcacttagtactttttgtctcacttcaccttctct 3638
P5CS1 cttctctcgtctctttcagGAAACCCTTCTTGTGCATAAGGATCTAGAGCAGAATGCTGT 3770 P5CS2 ttttatttggtcctaacagGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTTGGAGCAGAATGGTTT 3698
P5CS1 GCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGgtacgtcataaatggcccaatcatt 3830 P5CS2 TCTCGATGATCTTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGgtgagtatagtagcttgggaaaata 3758
P5CS1 tgttg--gtctatcttaac----catttatttgacctcttgttaccttccatctggatg- 3883 P5CS2 attctttttttttattatttggatctatcttccaatctggatttccttacaactgttgtt 3818
P5CS1 - tctcatagatatacatgtagcctgtttga--ttataaat---------attgaatggtc 3931 P5CS2 ttatatttaatactaaactagagtatttcaaaccataaacactgaaattaagatagtgtt 3878
P5CS1 atc-tcatgaaaacatttctagagtggcataactcatgagatatattaaactacagGAGT 3990
P5CS2 ttgtttgttgaccgttttcaaagagacttgtctgaagtgtacgtgtcaaattgcagGCGT 3938
P5CS1 CACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTAAGATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATT 4050 P5CS2 CACTTTGTATGGTGGGCCAAGAGCAAGTGCAAAACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATT 3998
P5CS1 CAACCATGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGTGC 4110 P5CS2 TCACCACGAGTACAGTTCCAAGGCCTGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGC 4058
P5CS1 TATAGATCACATTCACCGACATGGGAGgtagaaactcgacataacaggcattgactttag 4170 P5CS2 TATAGATCATATTCACCAACATGGAAGgtaaaattactgctgatttcaaatttttcaaag 4118
P5CS1 aaattctttgcatatgtagtggaaatgttc------actcgttatcttgtcttgtatgtt 4224 P5CS2 gacctaccgctctgtattccatgcatgtgctgaaagtgtggtcactcctttgtcttatct 4178
P5CS1 gttacgagcagTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCACGAAGTTGCAGAGCTA 4284 P5CS2 tatgagagcagTGCACACACTGATTGCATAGTGACGGAAGATAGTGAAGTAGCAGAAATA 4238
P5CS1 TTCCTTCGCCAAGTGGATAGgtaaagtactgaatctttaacttgcttattatc------- 4337 P5CS2 TTCCTCCGCCAAGTGGACAGgtaataaccatatatactaaaacattttctgctgttgatt 4298
P5CS1 -------------------tgtctttgatttt---tcttggaaactgactgtaagatgtt 4375 P5CS2 ttccagtccatagaatgtttgtagttggatatatgggaaaactaattcttctaatatttg 4358
P5CS1 gcgaccttgaacagCGCTGCTGTGTTCCACAACGCCAGCACAAGATTCTCAGATGGTTTC 4435 P5CS2 cgtgttctcgacagTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAAGATTCTCTGATGGTTTT 4418
P5CS1 CGATTTGGACTTGGTGCAGAGgtaagtcagagacatacacataagtctatagattaaaaa 4495 P5CS2 AGGTTCGGACTTGGTGCTGAGgtagggaagagagagagttaccaataatatcacatatat 4478
P5CS1 ca---aataaaaagaggaagagt-------gagtgataaaaaagtattggttgtggtata 4545 P5CS2 aaaccaaacaaatggagaagtgtcaatgaataaatggccaatgtgatttgttcttatgta 4538
P5CS1 tagGTGGGGGTAAGCACGGGCAGGATCCATGCTCGTGGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTA 4605 P5CS2 tagGTGGGAATAAGCACAAGCAGGATTCATGCCCGTGGTCCAGTTGGAGTTGAAGGATTA 4598
P5CS1 CTTACAACGAGATGgtacaattttagttactcaaagcaccattgttatgtcaataaagac 4665 P5CS2 TTGACAACAAGATGgtactacaattgagttattttgtttctctctcttccatag------ 4652
P5CS1 ccacaataagccttttttcctatgcttcttttaattttcatggtgaaatggttgcagGAT 4725 P5CS2 - ttcactg-atttgtcaaaagctgtgaagtttaaatggttgtggtgatgaatgacagGAT 4710
P5CS1 AATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGA 4785 P5CS2 AATGAGAGGAAAGGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGAATCGTTTACACCCATAAGGA 4770