Actividad
Conversión de formatos de secuencias con EMBOSS seqret
Introducción
Un formato de archivo es un estándar que define la forma en que la información se organiza y se
codifica en un archivo informático. El formato de secuencia biológica es un conjunto de formatos de
archivo distintos, con el objetivo de hacer que los archivos sean legibles para programas específicos.
Los formatos de secuencia son la disposición necesaria de caracteres, símbolos y palabras clave que
especifican la secuencia, el nombre del identificador, los comentarios, etc. Los formatos de secuencia
son necesarios para dos propósitos:
• Diferentes programas reconocen diferentes tipos de formatos. Necesitamos convertir un
formato a otro para usar la secuencia de ese programa.
• A veces se requieren presentaciones de la secuencia molecular en un formato determinado.
Formatos de secuencia de uso común:
Secuencia de nucleótido
Secuencia de proteína
• FASTA
• GCG
• EMBL (versión abreviada)
• GenBank (versión abreviada)
• PIR / NBRF
• PHYLIP
• GFF3
• FASTA
• GCG
• Genbank (versión abreviada)
• PIR / NBRF
• PHYLIP
• UniProtKB/Swiss-Prot
abreviada)
• GFF3
(versión
EMBOSS Seqret lee y escribe (devuelve) secuencias. Es útil para una variedad de tareas, que incluyen
extraer secuencias de bases de datos, mostrar secuencias, reformatear secuencias, producir el
complemento inverso de una secuencia, extraer fragmentos de una secuencia, conversión de casos
de secuencia o cualquier combinación de las funciones anteriores.
Objetivo
• Convertir el formato de una determinada secuencia molecular a otros formatos de secuencia
como FASTA, EMBL, PIR, GenBank, etc.
Procedimiento
a) Entre a la página principal de EMBOSS Seqret
(https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/)
b) El primer paso consiste en seleccionar el tipo de molécula (proteína, DNA o RNA),
posteriormente la secuencia en cualquier formato se pega en el cuadro de texto. También
puede adjuntar un archivo.
c) En el segundo paso se selecciona el formato de entrada y el formato de salida así como otras
opciones (vea la figura para más detalle).
d) En el tercer paso se somete la conversión.
